DomůAktualityDaňová kontrola už není náhodná: Co musíte umět doložit a na co...

Daňová kontrola už není náhodná: Co musíte umět doložit a na co si dát pozor

Publikováno

spot_img

Daňová kontrola už není náhodná. Co musíte umět doložit a na co si dát pozor. Finanční správa dnes míří cíleněji než dřív. Daňových kontrol je méně, ale doměrky jsou vyšší. Pro podnikatele to znamená jediné: nestačí mít „nějakou“ fakturu. Rozhoduje, zda po letech dokážete přesvědčivě doložit, co jste přijali, od koho, v jakém rozsahu a proč to dávalo ekonomický smysl.

Tím se zároveň blíží dopad návratu evidence tržeb v režimu EET 2.0. Více evidovaných transakcí znamená více dat, se kterými finanční správa může pracovat — a kontrola se tak posouvá od plošného přehlédávání k cílenému dohledu. Podnikatel, který je zvyklý spoléhat na to, že „účetnictví mám v pořádku“, se dostane do situace, kdy samotný doklad o úhradě nestačí.

Níže najdete, jak taková kontrola v praxi vypadá, co konkrétně musíte umět doložit a kde nejčastěji vzniká problém. Bez suchého výkladu zákona — prostě o tom, co reálně potřebujete mít vedle sebe, až vám někdo zavolá.

Kontrola už často není „náhodná“

Daňová kontrola může být formálně zahájena i bez toho, že by správce daně na začátku sdělil konkrétní pochybnosti. To ale neznamená, že chodí „na blind“. Díky datům z kontrolních hlášení, mezinárodní výměně informací, analytice a interním nástrojům si finanční správa umí vytipovat subjekty a transakce, u kterých tuší riziko. Typickým příkladem je oblast DPH a tzv. B3 — přijaté drobné doklady, u nichž se vykazují jen souhrnné údaje. Právě tam umí správce daně rychle zaznamenat nepřiměřené nárůsty a kontrolu zahájit.

Platí tedy, že kontroly jsou cílenější a efektivnější. Menší podnikatel se s nimi může setkat zejména u přijatých plnění — tedy u nákladů a odpočtů DPH. A to je zároveň ta část vašeho účetnictví, kde se daňové řízení dotýká vašeho podnikání nejvíc.

Dva nástroje, které je dobré znát

V daňové kontrole se můžete setkat se dvěma různými postupy, které vypadají podobně, ale běží úplně jinak.

Postup k odstranění pochybností je rychlejší nástroj. Správce daně předem sdělí, v čem vidí pochybnosti, a očekává rychlé vysvětlení. Pokud se pochybnosti nevyřeší, může přejít do klasické daňové kontroly. V praxi je to šance, kterou je rozumné využít — odpovědět, doplnit a celou věc uzavřít bez dlouhého řízení.

Daňová kontrola je robustnější a delší proces. Správce daně nemusí na začátku disponovat konkrétními pochybnostmi, ale v praxi už zpravidla ví, proč kontrolu zahajuje. Po předložení prvotních dokladů a evidencí přichází výzvy — zejména výzva k prokázání skutečností. V tu chvíli už jde do tuhého: je zřejmé, které transakce, dodavatelé a částky budou předmětem sporu.

Důkazní břemeno: tíha je na podnikateli

Základní pravidlo zní: daňový subjekt nese důkazní břemeno k tomu, co uvedl v daňovém přiznání. Pokud tvrdíte, že jste měli náklad nebo nárok na odpočet DPH, musíte to prokázat. Správce daně nejprve předestře pochybnosti — typicky že doklady nejsou úplné, že není jasný rozsah plnění, cena nebo kdo plnění dodal. Jakmile to udělá, míč je na vaší straně.

Pozor na častý omyl: v daňovém řízení neplatí stejná logika jako v trestním právu. Správce daně nemusí „prokázat opak“. Často stačí, že ukáže nejasnosti, a je na vás, abyste je vyvrátili. Soudní praxe je v tomto směru dlouhodobě spíše přísná — a s růstem objemu evidovaných dat bude podle všeho přísnější.

Vedle toho je tu ještě jeden aspekt, který se v podnikatelské praxi přehlíží: daňový náklad musí mít ekonomickou souvislost s vaším podnikáním. Nejen „zaplatil jsem“, ale „zaplatil jsem proto, abych zajistil nebo udržel příjem“. Je to způsob myšlení, který se v daňovém řízení hodnotí jinak než v běžném účetnictví.

Kde nejčastěji vzniká problém

1. Rozsah plnění. U služeb — úklid, práce ve skladu, na stavbě, poradenství, reklama — je po letech velmi obtížné prokázat, kolik hodin, výkonů nebo materiálu bylo skutečně dodáno. Pokud nemáte průběžnou evidenci, budete jen složitě vysvětlovat, že faktura byla správná. U EET 2.0 se tento problém netýká jen faktur, ale i samotné evidence tržeb — tam, kde máte prodat výkon nebo službu, musí být jasné, co jste prodali a v jakém rozsahu.

2. Služby versus zboží. U zboží existuje hmotná stopa: dodací list, skladová evidence, doprava, převzetí. U služeb je situace abstraktnější a důkazní pozice slabší. O to více platí: dokumentovat už při realizaci, ne až po výzvě.

3. Identita dodavatele. Správce daně může zpochybnit, kdo vám plnění vlastně dodal. Pokud dodavatel neměl zaměstnance, zanikl nebo nekomunikuje, může být problém. Proto je dobré mít jasno, s kým jednáte, kdo podepisuje a jaké má oprávnění.

4. Smlouvy a faktury. Bez písemné smlouvy to může být špatně; se smlouvou, která je neurčitá, to může být také špatně. Faktura sama o sobě často nestačí — musí být zřejmé, co bylo předmětem plnění. U služeb je vhodné trvat na konkrétním popisu. Do smlouvy se vyplatí zakotvit právo na opravu či „retextaci“ daňového dokladu, pokud je popis plnění vágní.

5. Podepisující osoba. Pokud za dodavatele podepisuje někdo jiný než jednatel, dbejte na to, z jakého titulu jedná. Bez jasného zmocnění si vytváříte zbytečné riziko.

6. Digitální dokumenty. U e-mailů, Excelů a interních systémů se předávají i metadata. Pokud se po letech ukáže, že soubor byl nedávno upraven, může to vzbudit podezření, i kdyby obsahově šlo o drobnost.

Co dělat prakticky

Písemná smlouva nebo alespoň jasná objednávka a akceptace. U větších a rizikovějších transakcí nepodceňujte formu. Ať už je zákazník koncový spotřebitel, nebo firma — písemný doklad je základ.

Faktura s konkrétním popisem plnění. Ne „poradenství dle objednávky“, ale co, kdy, v jakém rozsahu a za jakou cenu.

Průběžná evidence. Hodiny, výkony, dodací listy, skladové pohyby, převzetí, odpovědné osoby. U služeb je toto ta nejúčinnější prevence — vyplácí se to víc než jakýkoli dodatečný doklad vytvořený za pět let.

Identifikace protistrany a jednající osoby. Jméno, funkce, zmocnění, komunikace.

Kompletně reagujte na výzvy. Nepředložení dokladů se sice přímo nepostihuje pokutou za nesplnění povinnosti, ale projeví se v hodnocení důkazní situace i při případném penále — může se stát, že vám příslušenství daně nebudou prominout v rozsahu, v jakém by prominuli při skutečně kompletní dokumentaci.

Nerekonstruujte dokumenty „zpětně“. Pozdní předložení dokumentu, který jste měli mít celou dobu, může vyvolat nedůvěru — i když se později dokážete vysvětlit, že jste ho skutečně měli.

Ke svědkům buďte uvážliví. Svědek po letech k běžné transakci si toho často mnoho nepamatuje. Připravte ho alespoň na to, o co jde, a zjistěte, co k věci má. A pozor na to, koho vůbec navrhujete: statutární orgán za subjekt vypovídat nemůže, zaměstnanci a obchodní partneři mohou. A samotná pracovní vazba na subjekt zpravidla nestačí k zpochybnění důvěryhodnosti svědka.

U služeb buďte obzvlášť pečliví

Tady je důkazní pozice nejslabší — a zároveň nejvíc vaří. Služba je plnění abstraktní povahy: někdo uklízí, montuje, skládá nebo radí. Když se po letech ptáte, co přesně jste koupili, faktura sama o sobě neprokazuje nic — je to doklad s částkami. Bez zachycení obsahu plnění se dostanete do situace, kdy jediná odpověď zní „bylo to objednáno a dodáno“, a to je přesně ten typ odpovědi, se kterým správce daně neuspokojí.

Proto je u služeb klíčové zdokumentovat už při uzavření smlouvy a během realizace, ne až po výzvě. Jakmile máte průběžnou evidenci hodin, výkonů a odpovědných osob, máte i důkazní pozici, kterou lze obhajovat.

Závěr: prevence není mít horu papírů

Daňová kontrola dnes často nekončí u otázky „máte fakturu?“, ale u otázky „umíte po letech doložit, že se plnění skutečně stalo tak, jak tvrdíte?“. Prevence není v tom mít horu papírů. Je v tom mít jasné smlouvy, konkrétní faktury, průběžné evidence a věrohodnou dokumentaci.

A ještě jedna věc, která se při návratu evidence tržeb v režimu EET 2.0 ukáže velmi brzy: důkazní břemeno se nevztahuje jen na doklady, ale i na samotnou evidenci. Co jste skutečně prodali, komu, v jakém rozsahu a zda to odpovídá tomu, co jste vykázali v daňovém přiznání — to všechno musí sedět. Kdo v tom chce začít po letech hledat odpovědi, ten obvykle nenajde nic jiného než vlastní evidenci a doklady, které si vedl od začátku.

Kdo to zanedbá, může se dostat do situace, kdy už jen těžko vysvětluje, co přesně před lety přijal — a proč mu to mělo vzniknout jako daňově uznatelný náklad nebo odpočet DPH. Podrobnosti o tom, jak se na kontrolu připravit z pohledu evidence tržeb, najdete v článku Jak bude Finanční správa reálně kontrolovat podnikatele a v praktickém checklistu pro přípravu na EET 2.0.

Často kladené otázky (FAQ)

Jak často se daňové kontroly konají?

Četnost se mění s tím, jak se mění přístup finanční správy k datům. Poslední dobou je kontrol méně, ale jsou cílenější a zaměřují se na oblasti, kde správce daně vychází z dat. Pro podnikatele to znamená, že nelze spoléhat na to, že „na malou firmu se nepodívají“ — kontrola se může týkat i běžného podnikatele, typicky u přijatých plnění, nákladů a odpočtů DPH.

Co musím doložit, když mě finanční správa vyzve?

U plnění, které jste přijali, typicky doklad o tom, že plnění bylo skutečně přijato, od koho, v jakém rozsahu a za jakou cenu — tedy fakturu doplněnou o smlouvu či objednávku, průběžnou evidenci dodání a podle potřeby doklady o předání. U nákladu daně z příjmu navíc musí být patrná souvislost s vaším podnikáním. Odpovědejte úplně — částečné předložení podkladů se projeví v hodnocení důkazní situace i v případném penále.

Musím mít k dokladu smlouvu?

Ne striktně, ale bez ní je vaše důkazní pozice výrazně slabší. Smlouva sama o sobě ale také nestačí — je to dokument, který musí odpovídat skutečnosti. Pokud obchodujete z velké části na základě objednávek a e-mailů, zapište si alespoň tyto objednávky, potvrďte je a opatřete konkrétním popisem plnění. U služeb je to zásadní.

Proč je u služeb důkazní pozice slabší než u zboží?

Zboží má hmotnou stopu — dodací list, skladovou evidenci, dopravu, převzetí. U služby je plnění abstraktní a po letech je obtížné prokázat rozsah, počet hodin či výkonů. Proto je u služeb klíčové vést průběžnou evidenci od samého začátku: hodiny, výkony, odpovědné osoby a podklady pro jednotlivé zakázky.

Kdy mohu doklady předložit dodatečně?

Doklady můžete předkládat i v průběhu odvolacího řízení, ale pozor: pokud správce daně poukáže na to, že doklad měl být k dispozici po celou dobu kontroly, může vzbudit pochybnost, že byl vytvořen až dodatečně. Bezpečnější je mít doklady připravené už teď, ne je dohánět po letech.

Může správce daně zeptat se třetí osoby na mém provozu?

Při místním šetření je nutné, aby při dotazování třetí osoby byl přítomen daňový subjekt nebo jeho zástupce a měl možnost klást vlastní otázky. Takto získané údaje bez účasti subjektu jsou pro daňové řízení nepoužitelné. Je proto vhodné, aby někdo z vaší strany u takového šetření byl.

Kdo může být svědkem v daňovém řízení?

Svědkem může být kterýkoli, kdo není daňovým subjektem ani jeho statutárním orgánem — tedy například zaměstnanci, obchodní partneři nebo řidiči. Samotná pracovní vazba na subjekt důvěryhodnost svědka zpravidla nevyvrácí. Před výslechem je vhodné svědka pouze informovat, o co jde, a neusilovat o konkrétní odpovědi.

Jak se na daňovou kontrolu připravit v souvislosti s EET 2.0?

Důkazní břemeno se vztahuje i na samotnou evidenci tržeb: co jste prodali, komu a v jakém rozsahu musí odpovídat údajům v daňovém přiznání. Podnikatelé, kteří mají certifikát a pokladní systém připravený už teď, navíc získávají kontrolovatelnou datovou stopu, která v případě dotazů výrazně usnadňuje obhajobu. Bližší informace o přípravě na EET 2.0 najdete v checklistu pro přípravu na EET 2.0 a v článku o pokladních certifikátech.

Nejvější články

EET 2.0 kontroly a pokuty: Co hrozí a jak se jim vyhnout

Zákon o EET 2.0 zná jen dvě skutkové podstaty přestupku, obě se sazbou do 500 000 Kč. Co konkrétně hrozí, kdo může kontrolovat a jak se pokutě vyhnout.

Pokladní certifikáty k EET 2.0: vygenerujte si je už dnes na portálu MOJE daně

Pokladní certifikáty k EET 2.0 si už dnes vygenerujete sami na portálu MOJE daně. Od 1. 12. 2026 zkušební zasílání, od 1. 1. 2027 povinnost. Jak na to a kdo pomůže.

EET 2.0 a hotovostní platby: Karty, QR kódy a kryptoměny

EET 2.0 rozšiřuje evidenci i na karty, QR platby a kryptoměny u pultu. Co je kontaktní platba, co ne, a jak se připravit na start 1. 1. 2027.

EET 2.0 a e-faktura: Co přinese směrnice ViDA a proč se Česko nemůže spoléhat jen na ISDOC

EET 2.0, které startuje 1. ledna 2027, je prvním velkým krokem k digitalizaci české ekonomiky – ale rozhodně ne posledním. Další logickou etapou je povinná…

More like this

EET 2.0 kontroly a pokuty: Co hrozí a jak se jim vyhnout

Zákon o EET 2.0 zná jen dvě skutkové podstaty přestupku, obě se sazbou do 500 000 Kč. Co konkrétně hrozí, kdo může kontrolovat a jak se pokutě vyhnout.

Pokladní certifikáty k EET 2.0: vygenerujte si je už dnes na portálu MOJE daně

Pokladní certifikáty k EET 2.0 si už dnes vygenerujete sami na portálu MOJE daně. Od 1. 12. 2026 zkušební zasílání, od 1. 1. 2027 povinnost. Jak na to a kdo pomůže.

EET 2.0 a hotovostní platby: Karty, QR kódy a kryptoměny

EET 2.0 rozšiřuje evidenci i na karty, QR platby a kryptoměny u pultu. Co je kontaktní platba, co ne, a jak se připravit na start 1. 1. 2027.